Základy kostola nachádzajúceho sa na sídlisku Západ I boli položené na jeseň v roku 1996. Výrazným architektonickým prvkom kostola sú dve 38 metrové monolitické veže, ktoré sú ukončené jednoramennými krížmi. V priestore medzi vežami je umiestnená jedna z dominánt interiéru – zelený jednoramenný kríž zo skladaného skla a nerezu, ktorý je podľa autorov výškou 5,6 metrov a rozpätím 3,6 metrov najväčším skleneným krížom na svete umiestneným v kostole. Pod ním sa nachádza Bohostánok zo zlatého ónyxu a mosadze. Na stene vľavo je obraz Milosrdného Ježiša v životnej veľkosti. Dominantný je aj zelený oltár zo skladaného skla a nerezu. Architektúrou, technológiou a vybavením patrí kostol medzi moderné a účelové stavby sakrálnej architektúry na Slovensku.

18. apríla 2009 otec biskup František Tondra konsekroval oltár a Kostol Božieho Milosrdentsva vo farnosti Smižany, na sídlisku Západ I v Spišskej Novej Vsi.

Kostol je pútnickým miestom, pri konsekrácii bol vyhlásený za diecéznu Svätyňu Božieho Milosrdenstva. Nachádzajú sa tu relikvie troch svätých – apoštolov Božieho milosrdenstva: sv. Faustíny Kowalskej sv. Vincenta Pallottiho sv. Jána Pavla II.

Vo svätyni a v priľahlom rehoľno-pastoračnom centre je prístupná verejnosti po omšiach výstava pápežských darov z Vatikánu, ktoré dostal pápež Ján Pavol II. na svojich apoštolských cestách a časť z nich daroval Spoločnosti katolíckeho apoštolátu pri Rímskokatolíckej farnosti Smižany – duchovným otcom pallotínom, ktorí spravujú tento kostol. Výstava je jedinou svojho druhu na Slovensku.