Spišské biskupstvo vzniklo vyčlenením z Ostrihomského arcibiskupstva 13. marca 1776. Pápež Pius VI. tak urobil bulou Romanus pontifex, ktorú vydal na základe dekrétu Márie Terézie zo začiatku roka 1776. Spolu so Spišským biskupstvom vzniklo aj Banskobystrické a Rožňavské biskupstvo.

Sídlom Spišského biskupstva sa stala Spišská Kapitula, ktorej história siaha pravdepodobne do 12. storočia, i keď prvou písomnou zmienkou o Spiši je až listina uhorského kráľa Ondreja II. z roku 1209. Prostredníctvom nej bamberský biskup Ekbert (brat uhorskej kráľovnej Gertrúdy, prvej manželky Ondreja II.) predáva rozsiahle územie medzi Snežnými horami a v povodí rieky Poprad spišskému prepoštovi Adolfovi a jeho sestre. Je pravdepodobné, že prepoštova sestra, jej manžel Rutger a aj samotný Adolf (prvý po mene známy spišský prepošt) pochádzali z blízkeho okruhu kráľovnej Gertrúdy. Týmto nás táto listina oboznamuje s existenciou komitátu a aj s existenciou cirkevnej organizácie Spiša, ktorá bola reprezentovaná Spišským prepoštstvom a jeho prepoštom. Aj napriek tomu, že sa nám nezachovala žiadna listina, ktorá by nás oboznamovala s presným dátumom založenia Spišského prepoštstva, spomínaná listina nám potvrdzuje to, že v roku 1209 už prepoštstvo existovalo. Okrem toho na Pažici (oproti dnešnému biskupskému sídlu) pravdepodobne už v 11. storočí existoval benediktínsky kláštor zasvätený sv. Martinovi.

Pri prepoštovi vznikol čoskoro zbor kanonikov, teda kapitula, ktorá mala spočiatku štyroch členov. Neskôr sa počet kanonikov zvyšoval, až sa napokon ustálil na počte desať osôb. Okrem tohto samotná kapitula mala od 13. storočia aj ďalšiu dôležitú funkciu, a to funkciu hodnoverného miesta, čiže verejného kráľovského notárstva. Už v 13. storočí tu bola založená kapitulská škola, v roku 1646 sa tu usadili jezuiti a v roku 1648 aj založili gymnázium.

Spišské prepoštstvo bolo v roku 1776 panovníčkou Máriou Teréziou a pápežom Piom VI. povýšené na Spišské biskupstvo, ktoré sa tak vyčlenilo z Ostrihomského arcibiskupstva. V roku 1815 tu bol založený seminár pre kňazov a v roku 1819 aj najstarší učiteľský ústav v Uhorsku. Po nástupe biskupa Jána Vojtaššáka v roku 1921 sa duchovný život v diecéze obnovil. Postupne vznikali nové vzdelávacie a výchovné inštitúcie, charita, farnosti, spolky, či združenia. V jednotlivých farnostiach diecézy bola zavedená každodenná poklona Najsvätejšej Sviatosti Oltárnej podľa presného plánu, ktorý sa zachováva aj dodnes. V roku 1925 sa uskutočnila diecézna synoda, ktorej závery na dlhé roky pomohli zachovať duchovný život a účinné riadenie diecézy aj počas nespravodlivého väznenia biskupa Vojtaššáka, ale aj po jeho smrti až do pádu komunizmu. Spišská diecéza bola počas komunizmu takmer 40 rokov bez biskupa. V danej dobe bola riadená tzv. kapitulnými vikármi.

V roku 1989 sa spišským biskupom stal Mons. František Tondra, ktorý v zmenených okolnostiach doby obnovil všetky potrebné inštitúcie a duchovný život v diecéze. Na konci svojho pôsobenia vyhlásil Druhú diecéznu synodu.

Územie Spišskej diecézy, konkrétne Spišskú Kapitulu, Levoču, Vysoké Tatry a Poprad, navštívil pápež sv. Ján Pavol II. v dňoch 2. – 3. júla 1995 počas svojej druhej pastoračnej návštevy Slovenska.

Vznik biskupstva

Pápež Pius VI. bulou Romanus pontifex z 13.3.1776, na základe dvorného dekrétu Márie Terézie z 15.1.1776, zriadil nové biskupstvá Banskobystrické, Rožňavské a Spišské vyčlenením z Ostrihomského arcibiskupstva. Spišské biskupstvo bolo vytvorené pripojením Liptova a Oravy k bývalému Spišskému prepoštstvu (1198 – 1776) a stalo sa sufragánom Ostrihomu. Pius VII. bulou Super universas orbis terrarum Ecclesias z 9.8.1804, na základe dekrétu Františka I. z 5.8.1804, ustanovil Košické a Satmarské biskupstvo vyčlenením z Jágerského biskupstva, pričom Jáger bol povýšený na arcibiskupstvo. Sufragánmi Jágerskej provincie sa okrem Košíc stali aj Spiš a Rožňava. 29.5.1922 vzala Svätá Stolica do vlastnej správy okrem Trnavskej administratúry, Nitrianskeho a Banskobystrického biskupstva aj Spišské biskupstvo. Pavol VI. apoštolskou konštitúciou Qui divino 30.12.1977 zriadil na Slovensku cirkevnú provinciu s metropolou v Trnave. Spiš sa stal jej súčasťou. Pápež Ján Pavol II. bulou Pastorali quidem permoti z 31.3.1995 erigoval Košickú cirkevnú provinciu, Košické biskupstvo povýšil na arcibiskupstvo a sufragánmi sa stali Rožňavské a Spišské biskupstvo.