Późnogotycki trójnawowy kościół z wydłużonym, wielobocznie zakończonym prezbiterium, od południa zbudowana kaplica Zápoľsky, zachodnia emporium, od zachodniej fasady z parami graniastosłupowych wież i głównym portalem koncesyjnym. Pierwotnie późnoromański kościół na planie regularnego krzyża greckiego, został zbudowany w 20. latach XX wieku. Posiadał transept, westwerk (kaplicę królewska na elewacji zachodniej) i jedną – północną – wieżę. Najstarsza zakrystia romańska została dobudowana do północnej ściany kościoła i zachowała się do dziś. Pod koniec wieku świątynię nawiedziły dwie katastrofy. W 1241 roku został prawdopodobnie splądrowany podczas najazdu tatarskiego na Węgry. W 1289 roku został ponownie spalony przez osobistą straż węgierskiego króla Władysława IV Kumańczyka. Do końca XIII wieku kościół został jednak naprawiony i uzupełniony o drugą wieżę. W XIV wieku został powiększony o parę kaplic połączonych z nawą główną od północy i południa oraz o zakrystię połączoną z nawą południową.

Wspaniała późnogotycka przebudowa kościoła miała miejsce w latach 1462-1478. Od wschodu dobudowano nowe prezbiterium. Kaplice wraz z transeptem przebudowano na nawy boczne ze sklepieniem gwiaździstym. Podwyższono nawę główną i nadano jej sklepienie krzyżowe. Pod koniec XV wieku do południowej nawy bocznej dobudowano kaplicę Zápoľsky z prostokątnym, wielobocznie zamkniętym planem, sklepieniem krzyżowo-żebrowym, własnym chórem i zakrystią. W XVII, XVIII i XIX wieku katedrę przebudowano jedynie w stylu barokowym i neogotyckim. Powstała wówczas obecna emporium organowa, północna zakrystia i  przedsionek przed portalem północnym.

Pierwotny kościół prepozytski odegrał ważną rolę, zwłaszcza jako ośrodek szerzenia się chrześcijaństwa i kultury w tej części Królestwa Węgier. Wraz z Zamkiem Spiskim i miastem Spiske Podgrodzie, które leży w dolinie między dwoma kompleksami, tworzyły centrum i wsparcie potęgi węgierskich królów rodu Arpádów, zwłaszcza w XIII wieku. Najprawdopodobniej kościół odwiedzały takie osobistości dworskie jak Koloman Halicki (1208 – 1241), młodszy brat króla węgierskiego Beli IV, królowa-matka Elżbieta Kumańska, jej syn, król węgierski Władysław IV Kumańczyk (1262-1290) lub węgierski król Andrzej II (1177-1235), Stefan V (1239-1272), Andrzej III (1265 – 1301) i Karol Robert z Anjou (1288 – 1342). Po wymarciu rodziny królewskiej Arpadów i przeniesieniu interesów politycznych królów węgierskich do innych części kraju, znaczenie Spisza – i oczywiście Spiskiej Kapituły i lokalnego kościoła centralnego – również zmalało. Stagnację przyspieszyła zmiana statusu Zamku Spiskiego i Katedry św. Marcina w połowie XV wieku. W 1465 r. pierwotny zamek królewski stał się arystokratyczną siedzibą dziedzicznych hrabstw spiskich z rodu magnackiego Zapoľsky. W związku z tym patroni Kościoła św. Marcina, który był jeszcze królami węgierskimi, stał się dziedziczną hrabstwem spiskim. Nawet budowa reprezentacyjnej kaplicy pogrzebowej rodu Zápoľsky nie zmieniła nic w stopniowym spadku znaczenia kościoła na Węgrzech.

Jego znaczenie zostało ponownie podniesione dopiero w 1776 r., kiedy cesarzowa Maria Teresa i papież Pius VI. ustanowił Diecezję Spiską z siedzibą w Spiskiej Kapitułe kościół prepozyta stał się wówczas Katedrą św. Marcina, to trwa do dziś..

Katedra św. Marcina w Spiskiej Kapitułe jest narodowym zabytkiem kultury, wpisanym na Centralną Listę Zabytków pod nr. ÚZPF 782/1.